灰原衰曾說過：“工藤君，也許你不知道，你已經深深地介入到我們組織從半世紀前就開始的秘密計劃當中了”
(資料圖片僅供參考)
另外需要和大家另外說明的是，青山剛昌已明確表示黑衣組織與其另一部作品《魔術快斗》中暗殺第一代基德黑羽盜一、奪取命運之石“潘多拉”的“神秘組織”不是同一個組織，怪盜基德在“漆黑的特快列車”系列以后也不會再與黑衣組織有交集。
黑暗組織成員
組織頭領：烏丸蓮耶
黑衣組織的首領隱藏了二十多年，終于現身了，雖然只是一個名字和一個陰影，連長相都沒暴露，不過也算給等了這么多年的漫迷們一個交代。此前什么阿笠博士、工藤優作甚至毛利小五郎是幕后boss的傳言總算是可以打消了。烏丸蓮耶是一位富豪，黃昏別館的主人，在五十年前神秘離世，實際上是轉入地下籌劃著什么，具體內容暫時無從知曉，做事非常謹慎，十分忌憚赤井秀一，稱他為“銀色子彈”。
朗姆（Rum，ラム）
黑衣組織的二號人物，Boss的心腹。性別不明，外貌有多種傳聞。 在事故中某只眼睛受傷，所以裝的是義眼。
琴酒（Gin，ジン）
黑衣組織重要成員，經常和伏特加一起出現。是最早登場也是最重要的組織成員之一。銀色（動畫早期為金色）長發，左撇子。冷酷殘忍，頭腦冷靜，似乎可以毫不猶豫地殺死任何人。經常執行各種暗殺和清除組織內奸的任務，自稱從不去記殺掉的人的姓名和長相。是給新一灌下APTX4869使其身體變小的罪魁禍首。愛車是黑色的保時捷356A。
伏特加（Vodka，ウォッカ）
黑衣組織重要成員，琴酒的搭檔，最早登場的組織成員之一。總是帶著墨鏡。但頭腦簡單，做事稍不細密。完全服從琴酒且一起行動，尊稱琴酒為“大哥”。
朗姆（Rum，ラム）
黑衣組織的二號人物，Boss的心腹。性別不明，外貌有多種傳聞。 在事故中某只眼睛受傷，所以裝的是義眼。
琴酒（Gin，ジン）
黑衣組織重要成員，經常和伏特加一起出現。是最早登場也是最重要的組織成員之一。銀色（動畫早期為金色）長發，左撇子。冷酷殘忍，頭腦冷靜，似乎可以毫不猶豫地殺死任何人。經常執行各種暗殺和清除組織內奸的任務，自稱從不去記殺掉的人的姓名和長相。是給新一灌下APTX4869使其身體變小的罪魁禍首。愛車是黑色的保時捷356A。
伏特加（Vodka，ウォッカ）
黑衣組織重要成員，琴酒的搭檔，最早登場的組織成員之一。總是帶著墨鏡。但頭腦簡單，做事稍不細密。完全服從琴酒且一起行動，尊稱琴酒為“大哥”。
貝爾摩得（Vermouth，ベルモット，又譯苦艾酒）
黑衣組織重要成員。真實身份為美國大明星莎朗·溫亞德，因某種原因恢復年輕或停止衰老（具體不詳），而后對外宣稱為“莎朗的女兒”克麗絲·溫亞德。精通易容與變聲。負責收集重要情報，是個“秘密主義者”。在紐約的時候，新一和小蘭曾救過她，此后一直保護兩人。知道柯南和灰原的真實身份，但卻并沒有上報組織，原因似乎也與她自身原因有關。與Boss有著特殊關系，具體不明。
雪莉（Sherry，シェリー；已脫離組織）
黑衣組織重要成員。本名宮野志保。組織中的科學家，藥物APTX4869的制造者。據琴酒所言是“在組織里算是少數頭腦頂尖的人”。但在組織殺害她的姐姐宮野明美后以停止研發以示抗議，被組織囚禁時服下APTX4869自盡，卻身體恢復幼年并逃出組織。化名灰原哀，阿笠博士將之收留。
皮斯克（Pisco， ピスコ；死亡）
黑衣組織元老級成員。本名枡山憲三，71歲，汽車公司董事長。與Boss關系密切。與宮野夫婦交情很深，了解到一些開發中的藥物情況，并見過幼年志保。在暗殺政治家吞口重彥的行動時失誤，在Boss的要求下被琴酒滅口。曾一度認出灰原哀為宮野志保，并暗殺其未遂。
龍舌蘭（Tequila，テキーラ；死亡）
黑衣組織成員，操關西口音的大漢。在一次和滿天堂公司職員交易時因拿錯箱子而被誤炸而死。曾與電腦工程師板倉卓接觸過。
卡爾瓦多斯（Calvados，カルバドス；死亡）
黑衣組織中的狙擊手。持各種武器，最喜歡用霰彈槍。因迷戀貝爾摩得而參與到貝爾摩得與FBI的對決中，被赤井秀一擊傷，在被帶走調查前自殺身亡。
基安蒂（Chianti，キアンティ）
黑衣組織中的狙擊手，與科恩搭檔，有效射程為600碼左右，實力強勁。左眼有鳳尾蝶圖案紋身并且常畫很重的眼影。性格激進，痛恨對卡爾瓦多斯見死不救的貝爾摩得。
科恩（Korn，コルン）
黑衣組織中的狙擊手，與基安蒂搭檔，狙擊能力在600碼左右，技術出眾。性格冷酷、沉默寡言。參與過多次暗殺行動。同樣討厭貝爾摩得。
宮野厚司（死亡）
黑衣組織中的科學家，宮野明美、宮野志保的父親，在科學界以遭驅逐的“瘋狂科學家”而聞名。和妻子宮野艾蓮娜一起進行“使死者復活的秘密藥物”的研究。在志保出生后不久便與妻子一同“意外死亡”。
宮野艾蓮娜（死亡）
黑衣組織中的科學家，英國人，宮野明美、宮野志保的母親。和丈夫宮野厚司一起進行藥物研究。沉默寡言，人稱“墜入地獄的天使（Hell Angel）”。在志保出生后不久便與丈夫一同“意外死亡”。生前對自己的死亡有所察覺，并且為尚且年幼的女兒志保留下了幾盤錄音。
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